El área andina se extiende a lo largo de la cordillera de los Andes, desde el sur de la actual Colombia hasta el centro de Chile. Abarca tres zonas bien diferenciadas: la costa, la sierra y una pequeña porción de selva al este.
Los primeros grupos nómadas de cazadores-recolectores llegaron a la región hacia el 9000 a.C. y, posteriormente, hacia el 2000 a.C., las poblaciones locales dominaron la agricultura y la cría de animales domésticos como la llama, la alpaca y el cui.
A partir de entonces, se sucedieron una serie de culturas, cada una de las cuales sirvió de sustrato para la siguiente.
Durante el período del Horizonte Temprano se sentaron las bases de la civilización andina. La agricultura comportó la sedentarización de los pueblos y la aparición de la cerámica, especialmente en la cultura de Valdivia.
Se desarrollaron diversas culturas en la región andina, entre ellas la cultura chavín. Hacia el 900 a.C., el sitio de Chavín de Huántar, centro ceremonial y político, reunió elementos culturales, religiosos y arquitectónicos de distintos pueblos de la costa, la montaña y la selva. Esta cultura chavín también influyó en las culturas Cupisnique y Recuay.
Durante el período siguiente, denominado Intermedio Temprano, la región experimentó una gran efervescencia cultural marcada por el surgimiento del Estado y el desarrollo de una arquitectura y un urbanismo cada vez más complejos.
Tres culturas sobresalen especialmente: Paracas, Nazca y Moche. La primera destaca por sus tejidos, frecuentemente utilizados en fardos funerarios, y por la práctica de la deformación craneal. La segunda es conocida por los geoglifos trazados en el desierto, así como por su cerámica de excelente calidad y su elaborada ingeniería hidráulica. La tercera se distingue por la construcción de grandes complejos monumentales y su decoración pictórica, así como por el refinamiento de su cerámica y su orfebrería.
El período siguiente, llamado Horizonte Medio, se caracteriza por la aparición de dos nuevas potencias políticas y culturales: Wari, en la sierra sur del Perú, y Tiwanaku, cerca del lago Titicaca. Ambas culturas fueron de gran relevancia para la cultura inca: Wari en los ámbitos político, económico y social, y Tiwanaku en el ámbito religioso.
Hacia el año 900 comienza el Intermedio Tardío, caracterizado por la aparición de un gran mosaico de pueblos muy diversos. Se observa una gran variedad de entidades políticas, con reinos como el de Chimú, dotado de una organización de tipo estatal cuya capital fue Chan Chan, así como señoríos como los de Lambayeque, Chancay o Ica.
Alrededor de 1450, esta diversidad de modelos llegó a su fin con la aparición de los incas y la creación de su imperio, el Tawantinsuyu, que reunió bajo su autoridad la mayor parte de la región andina. Este último período de autonomía antes de la conquista española, conocido como Horizonte Tardío, se extendió hasta la toma de Cusco en 1533 por las tropas españolas de Francisco Pizarro y Diego de Almagro.